Assessment of non-cultured aquatic fungal diversity from different habitats in Mexico
Brenda Valderrama, Guadalupe Paredes-Valdez, Rocío Rodríguez, Cynthia Romero-Guido, Fernando Martínez, Julio Martínez-Romero, Saúl Guerrero-Galván, Alberto Mendoza-Herrera, Jorge Luis Folch-Mallol
Resumen
With the aim to explore the diversity of aquatic fungi in Mexico we present an investigation using a fragment of the 18S ribosomal DNAasa molecular marker obtained from different water bodies (marine, brackish and fresh water). Ribosomal gene fragments were obtained by DNA amplification, the resulting sequences were compared using multiple alignments against a collection of classified reference fungal sequences and then subjected to phylogenetic clustering allowing the identification and classification of DNA sequences from environmental isolates as fungal down to the family level, provided enough reference sequence were available. From our ensemble of 2,020 sequences identified as fungal, 23.8% were classified at the family level, 48.5% at the order level, 13% at the class/subphylum level and 14.7% of the sequences (all from the same site) could not be unambiguously positioned in any of our reference fungal groups but were closely related to uncultivated marine fungi. The most frequently recovered phylum was Ascomycota (89.1%), followed by Chytridiomycota (8.1%), Basidiomycota (2.8%) and Mucoromycotina(1.3%).
Palabras clave
Aquatic habitats; Fungi; Taxonomic classification; Fungal populations; 18S ribosomal DNA
Texto completo:
PDF (English)
DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.rmb.2016.01.013
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ISSN-versión electrónica: 2007-8706
ISSN-impreso:1870-3453
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Revista Mexicana de Biodiversidad, Año 3, No. 12, enero-marzo 2014, es una publicación trimestral editada por la Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad Universitaria, Delegación Coyoacán, C.P. 04510, Ciudad de México, a través del Instituto de Biología, Tercer Circuito Universitario s/n, Ciudad Universitaria, Col. Copilco, Del. Coyoacán, C.P. 04510, Ciudad de México, Tel. (55)56229164, http://www.revista.ib.unam.mx/index.php/bio/, falvarez@ib.unam.mx.Editor responsable: Dr. Fernando Álvarez Noguera. Reserva de Derechos al uso Exclusivo No. 04-2013-092709142100-203, ISSN: 2007-8706, ambos otorgados por el Instituto Nacional del Derecho de Autor, Responsable de la última actualización de este número, Instituto de Biología, UNAM, Dr. Fernando Álvarez Noguera, Tercer Circuito Universitario s/n, Ciudad Universitaria, Col. Copilco, Del. Coyoacán, C.P. 04510, Ciudad de México, fecha de la última modificación: 25 de agosto de 2016. Las opiniones expresadas por los autores, no necesariamente reflejan la postura del editor de la publicación. Se autoriza la reproducción total o parcial de los textos aquí publicados siempre y cuando se cite la fuente completa y la dirección electrónica de la publicación. |
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